跳到主要內容

油棕(oil palm)的「惡業」使它無法量產

非洲油棕(Elaeis guineensis)。圖片來源:wiki


棕櫚油約佔植物油國際貿易的65%,而且世界對於棕櫚油的需求持續上升。但是並非所有的棕櫚樹都產棕櫚油;棕櫚油是由油棕(Elaeis屬)的果實而來的,全世界只有兩種,美國油棕(E. oleifera)與非洲油棕(E. guineensis)。其中,原產於安哥拉與甘比亞的非洲油棕,是棕櫚油的主要生產物種。

為了生產油棕,每年都有許多的熱帶雨林被破壞;而且因為砍伐的成本比焚燒要高出許多,所以在印尼與馬來西亞,多半都是用焚燒的方式來開墾原始林,不僅破壞森林,更造成嚴重的空氣污染。 最近,印尼政府才因為焚林所造成的霧霾逮捕了七個人

為了減低對生態的破壞,早在1974年,科學家便已經試圖將產油量高的油棕進行選殖(cloning),希望能以高產量的油棕苗來降低開墾新園地的需要。這種高產量的油棕,來自於兩個不同品系(durapisifera)雜交而成 ,產量比一般的油棕多了30%。

但是,選殖出來的油棕苗,有些卻長出具有極厚種皮(mantled)的果實。這些油棕的花,雌花的退化雄蕊(staminodes)以及雄花的雄蕊發育成假雌蕊(pseudocarpel),造成不育的單維花(parthenocarpic flower),且產出的棕櫚油極少。而且,更糟糕的是,不到開花結果,農夫無法預測到底這株油棕是否會結出厚皮果實來。因此,雖然油棕選殖技術早已成熟,現在的油棕園中,只有少於1%的油棕苗使用選殖苗。 

由於油棕本身也有突變種的性狀類似於厚皮油棕(稱為poissonidiwakkawakka),且厚皮性狀出現的比例並不符合孟德爾遺傳學,加上甚至還有上一代是厚皮、下一代卻回復正常的情形,因此科學家們早就認為,厚皮油棕應該是表觀遺傳(epigenetics)的結果。另外,也發現厚皮油棕的基因體甲基化的情形較野生種為低。

所以,厚皮油棕的出現,可能是某一個基因的活性,因為甲基化程度降低(hypomethylation)而產生的現象。但是,任一高等生物的基因體都至少有上萬個基因。如人有兩萬五千個基因,擬南芥有兩萬七千個基因,要在其中找到「一」個甲基化有變化的基因,不啻如大海撈針!

當然,雖說是大海撈針,如果真的想撈,只要工具對了,還是撈得到。最近,由馬來西亞與美國科學家所組成的研究團隊,終於找到了油棕結出厚皮果的原因!他們針對野生種與厚皮種,進行全基因體甲基化的分析(epigenome-wide association study,EWAS)。

分析與比較後,研究團隊先找到了數萬個甲基化差異區(DMRs,differentially methylated regions),然後進一步剔除不存在於全部厚皮油棕樣品的甲基化差異區後,再剔除掉只有重複序列以及轉位子(transposon)的區域。最後,研究團隊在油棕的基因體中,找到一個基因。這個基因與金魚草(Antirrhinum majus)的DEFICIENSDEF)以及擬南芥的APETALA3AP3)有相似性。

由於這兩個基因(DEFAP3)都是調節花器發生的B類基因,而厚皮油棕的性狀(雄蕊通通變成類似雌蕊的狀態)也顯示了它與B類基因相關;因此研究團隊認為,可能真的是這個基因出了問題。仔細看進去發現,這個基因的第五個內含子(intron)有個反轉錄轉位子(retrotransposon),它與與稻米的「業」(Karma)反轉錄轉位子(LINE retrotransposon)相似。當「業」反轉錄轉位子沒有被甲基化時,造成基因轉錄出的RNA被不正確的切割,使得「業」所在位置的開花調節基因DEF無法正常表現,於是厚皮果就這麼產生了。

有意思的是,「業」 這個特別的反轉錄轉位子,只有在組織培養後再生(regeneration,指讓植物細胞開始分化長根長葉片的過程)的狀況下才會被活化。當植物組織以細胞培養的型態不斷繼代培養時,研究團隊可以偵測到「業」的表現,但是卻沒有觀察到它發生反轉錄轉位。當他們把培養的細胞開始進行再生時,再生第零代(R0)同樣沒有反轉錄轉位的發生,但從再生第一代到第六代,都可以看到反轉錄轉位的發生。而且這種低度甲基化的情形,可以一直持續數代,不若一般的反轉錄轉位子,通常在反轉錄轉位發生後,很快就會因為被甲基化而失去活性。

或許是因為這個特殊的現象,所以當年日本的研究團隊把這個反轉錄轉位子稱為「業」(Karma)。因為在佛教的概念裡,我們今生所造的「業」不見得會馬上發作、甚至於到來世也不見得會發作,而是等到時候到了才發作。

無論是水稻的「業」還是油棕的「業」,似乎都要經過組織培養與再生後才會發作。至於到底在再生的過程中,是什麼因素讓它發作呢?日本的團隊似乎也還沒有答案。

回到油棕。對油棕的好消息是,如今研究團隊不只是找到了原因,他們也開發出了檢驗選殖苗中的「業」轉位子是否被甲基化的方法。這也就意味著未來選殖苗的棕櫚油產量可以穩定,也希望未來藉此可以降低焚燒原始林的行為。

本文版權為台大科教中心所有,其他單位需經同意始可轉載)

參考文獻:

Ravigadevi Sambanthamurthi and Robert A. Martienssen et. al., 2015. Loss of Karma transposon methylation underlies the mantled somaclonal variant of oil palm. Nature. doi:10.1038/nature15365

Elizabeth Pennisi. 2015/9/9. Researchers solve mystery of the mutated oil palms. Science Now.

Junko Kyozuka et. al., 2003. Two-step regulation and continuous retrotransposition of the rice LINE-type retrotransposon Karma. The Plant Cell, 15: 1934-1944.

留言

這個網誌中的熱門文章

關於蕃薯,你知道你吃的是什麼品種嗎?

蕃薯( Ipomoea batatas )從臺灣人的主食、轉變為副食、又轉變為飼料,最後在養生的風潮下,再度躍上餐桌,成為美食,可有人關心過,我們吃的蕃薯是什麼品種嗎? 圖片來源: 農委會 上面這張照片裡的蕃薯,中間的TN57與TN66,就是台農57號與台農66號,是臺灣最受歡迎的兩種蕃薯喔! 台農57號在1955年由嘉義農試分所將日治時代培育出的台農27號與南瑞苕種(Nancy hall)雜交育成。它黃皮黃肉,目前還是全臺灣產量最大的蕃薯。口感鬆軟,適合烤、煮食或製作薯條。主要產地在雲林、台南、高雄。適合在四~十月間種植。台農57號還曾經隨著農技團飄洋過海到史瓦濟蘭去,協助他們解決糧食問題呢! 至於台農66號呢,就是所謂的紅心蕃薯啦!台農66號是1975年也是由嘉義農試分所選出,1982年正式命名。它是目前栽植最普遍的食用紅肉番薯。在臺灣,幾乎全年皆可栽種,秋冬作五個月可收穫,春夏作四個月就可以收穫囉! 最右邊的台農73號,就是現在所謂的「芋仔蕃薯」啦!它是在1990年以台農62號(♂)x清水紫心(♀)雜交後,在2002年選拔出優良子代CYY90-C17,並於2007年正式命名。由於肉色為深紫色,所以得到「芋仔蕃薯」的暱稱。本品種富含cyanidin 及peonidin 等花青素,具抗氧化功用。 至於常吃的蕃薯葉,則是以桃園2號與台農71號為主,這兩種葉菜蕃薯都不用撕皮就可以直接煮來吃,而且莖葉不易倒伏,方便農民採收喔! 如果您愛吃的是蕃薯的加工食品,如蕃薯餅、蜜蕃薯、蕃薯酥,其實他們大多也是用台農57號與66號來加工的喔! 參考文獻: 蔡承豪、楊韻平。2004。臺灣蕃薯文化誌。貓頭鷹出版。 行政院農委會。 甘藷主題館 。

怎麼辦到的?變形藤(Boquila trifoliolata)模仿塑膠植物

  左:原來的葉片。右:模仿的葉片。圖片來源: 期刊 之前我們提到過一種奇妙的植物「變形藤」( Boquila trifoliolata ),它原產於南美洲智利中、南部與阿根廷。在2014年就被發現它 為了減少自己被吃 ,發展出奇妙的變形能力:爬到誰身上就長得像誰。 後來在2021年 發現 ,它不只是形狀學得像,連人家身上一大半的細菌都搬過來了。這就奇妙了。 為什麼「變形藤」能夠學得這麼像呢?是寄主植物釋放了揮發性化合物?還是寄主植物跟它進行了基因的交換?還是它真的能「看」? 研究團隊這次用了塑膠植物給它模仿。塑膠植物沒有基因、也不會釋放揮發性化合物,這樣就可以排除前兩個因素了。 結果「變形藤」還是學得維妙維肖,而且,一個月以後,它還學得更像。 難道它真的會「看」嗎?只能說這棵藤本植物真是太奇妙了。 參考文獻: White J, Yamashita F. Boquila trifoliolata mimics leaves of an artificial plastic host plant. Plant Signal Behav. 2022 Dec 31;17(1):1977530. doi: 10.1080/15592324.2021.1977530. Epub 2021 Sep 21. PMID: 34545774; PMCID: PMC8903786.

光合作用(photosynthesis)釋放氧氣,氧氣來自於水

  圖片來源: 維基百科 說真的,我雖然有時候也會寫一些「老」發現,但是像這樣幾乎每一本生物教科書與植物生理學教科書都會提到的事情,我還真的沒有想過要寫。 事情是這樣開始的。 2024年的6月1日下午,我收到記者的信息,內容如下: 今天北市教甄題目出現「植物行光合作用釋放出氧,氧來自何者?選項有A二氧化碳、B水、C葡萄糖、D空氣中的氧。」但答案是A的爭議,想請問現在能就這個題目跟您進行簡短採訪釋疑嗎? 我一看之下大驚失色,答案怎麼會是A呢?當然是B。 但是,說話要有證據,於是我就去查了幾本書,再加上網友的協助,最後得到的答案如下: 在1931年時,當C. B. van Niel(1897-1985)觀察光合細菌(包括紫硫菌與綠硫菌)時,因為這兩種細菌利用硫化氫(H 2 S)與二氧化碳為原料,產生元素硫,所以他就提出「光合作用的氧氣來自於水」的假說。  他的假說,在1941年,由Ruben等人以同位素氧18標定的水或二氧化碳確認,光合作用放出來的氧氣是來自於水。 答案是B才對啊! 所以我就發了一篇短文說明。 沒想到,後來看到的新聞竟然是: 圖片取自顏聖紘老師臉書 只能說真的蠻失望的。然後我點進去看了一下幾個新聞,老師堅持不改,這讓我覺得很失望;但更好笑的是,教育局說他們「尊重專業」,所以老師說不改就不改。 什麼時候,「尊重專業」可以這樣用了?難道Ruben等人的實驗就可以不算? 於是我就去挖出了Ruben等人的論文。 Ruben等人 (1941) 使用氧的同位素 (O 18 ) 作為追蹤劑,探討了光合作用中氧氣的來源。他們把綠藻 (Chlorella) 懸浮在含有重氧水 (H 2 O 18 ) 和一般碳酸氫鉀 (KHCO 3 ) 的溶液中。實驗結果顯示,釋放出的氧氣中的 O 18 /O 16 比例與水中的比例相同。 另外,當藻類在含有O 18 標記的二氧化碳 (CO 2 ) 和一般的水 (H 2 O) 中進行光合作用時,釋放出的氧氣中並沒有檢測到O 18 。 所以,實驗結果顯示:氧氣來自於水,而不是二氧化碳。 我其實很好奇,北市教甄出題的老師不改答案的理由是什麼?難道他自己做實驗發現氧氣來自於二氧化碳嗎?如果這樣,那可真的是諾貝爾等級的發現,應該趕快聯絡Nature或Science來發表啊!為什麼只有在教甄的答案上發表呢? 如果是弄錯了,那改一...