跳到主要內容

少了鑰匙孔,一樣能開門:植物TIR-only蛋白的秘密

 

圖片來源:Nature

動物的免疫系統有Toll-like receptor (TLR),負責識別入侵的病原體等,是動物的先天免疫反應的重要成員;但是,植物也有喔!植物的TIR(Toll/Interleukin-1 receptor)也是負責識別入侵的病原、傳遞信號、調節免疫反應。

不過,植物的TIR可分為兩大類。一類前端具有TIR領域,而後端含有能夠識別特定配體的感應域(ligand-sensing domains),這使得它們能夠識別特定的病原體蛋白。當它們識別到特定蛋白後,就會啟動植物的免疫反應,

但是,另一類的植物的TIR卻沒有後端的感應域,被稱為TIR-only蛋白。沒有感應域,這類的蛋白真的有功能嗎?最近發表在《自然》期刊上針對RPP1-TIR所做的研究報告,提供了一個全新的視野。

首先,研究團隊發現,這個蛋白的酵素活性需要相對較高的蛋白濃度才能顯著增加,這暗示了一種濃度依賴的酵素活性,促使研究團隊進一步探究TIR蛋白是否具有相分離活性。

接著,在含有擁擠劑並在低鹽條件下,研究團隊向蛋白的溶液中加入NAD+或ATP基質,並利用共軛焦顯微鏡觀察蛋白質的行為。結果顯示,添加NAD+或ATP後,這個蛋白在體外能形成多個液態狀的凝聚體,證明了這個蛋白的確具有相分離能力。進一步的實驗結果顯示,這些凝聚體內部具有高度的動態性,符合液-液相分離產生的凝聚體特性。

但是,在試管裡(in vitro)能形成凝聚體,在植物裡(in vivo)也能嗎?

研究團隊在植物體內進行了觀察,發現在植物細胞內,這個蛋白也被觀察到能與病原體形成類似的凝聚體,這證明了在自然條件下TIR-only蛋白質也能通過相分離來調控免疫反應。

此外,當研究團隊在這個蛋白裡導入突變來干擾TIR-only凝聚體的形成時,他們發現這個突變會損害TIR領域蛋白引發的細胞死亡活動。研究結果顯示了這些TIR-only蛋白以相分離作為一種機制,促進TIR-only蛋白的活化,並提供了基質誘導的TIR信號自主活化以賦予植物免疫反應。

所以,這項研究不僅發現了一種新的植物免疫活化機制,即透過相分離來活化免疫反應,也為理解植物如何應對病原體入侵提供了新的視角。這些發現有望在未來促進開發新的植物保護策略,提高作物對病害的抗性。

參考文獻:

Song, W., Liu, L., Yu, D. et al. Substrate-induced condensation activates plant TIR domain proteins. Nature (2024). https://doi.org/10.1038/s41586-024-07183-9

留言

這個網誌中的熱門文章

關於蕃薯,你知道你吃的是什麼品種嗎?

蕃薯( Ipomoea batatas )從臺灣人的主食、轉變為副食、又轉變為飼料,最後在養生的風潮下,再度躍上餐桌,成為美食,可有人關心過,我們吃的蕃薯是什麼品種嗎? 圖片來源: 農委會 上面這張照片裡的蕃薯,中間的TN57與TN66,就是台農57號與台農66號,是臺灣最受歡迎的兩種蕃薯喔! 台農57號在1955年由嘉義農試分所將日治時代培育出的台農27號與南瑞苕種(Nancy hall)雜交育成。它黃皮黃肉,目前還是全臺灣產量最大的蕃薯。口感鬆軟,適合烤、煮食或製作薯條。主要產地在雲林、台南、高雄。適合在四~十月間種植。台農57號還曾經隨著農技團飄洋過海到史瓦濟蘭去,協助他們解決糧食問題呢! 至於台農66號呢,就是所謂的紅心蕃薯啦!台農66號是1975年也是由嘉義農試分所選出,1982年正式命名。它是目前栽植最普遍的食用紅肉番薯。在臺灣,幾乎全年皆可栽種,秋冬作五個月可收穫,春夏作四個月就可以收穫囉! 最右邊的台農73號,就是現在所謂的「芋仔蕃薯」啦!它是在1990年以台農62號(♂)x清水紫心(♀)雜交後,在2002年選拔出優良子代CYY90-C17,並於2007年正式命名。由於肉色為深紫色,所以得到「芋仔蕃薯」的暱稱。本品種富含cyanidin 及peonidin 等花青素,具抗氧化功用。 至於常吃的蕃薯葉,則是以桃園2號與台農71號為主,這兩種葉菜蕃薯都不用撕皮就可以直接煮來吃,而且莖葉不易倒伏,方便農民採收喔! 如果您愛吃的是蕃薯的加工食品,如蕃薯餅、蜜蕃薯、蕃薯酥,其實他們大多也是用台農57號與66號來加工的喔! 參考文獻: 蔡承豪、楊韻平。2004。臺灣蕃薯文化誌。貓頭鷹出版。 行政院農委會。 甘藷主題館 。

在太空站種蔬菜好像不太安全?

  羅曼生菜,萵苣的一種。圖片來源: 維基百科 美國致力於在太空站種蔬菜已經不是新聞了,之前他們還確認了太空站種出來的蔬菜與地表種出來的一樣營養。 這當然是好事,可是,最近的研究卻發現,在太空站種蔬菜,要非常小心! 發生了什麼事呢?原來,科學家發現,微重力狀況會讓萵苣(lettuce)的氣孔(stomata)更傾向於張開,而這使得萵苣更容易被病菌感染。 研究團隊如何製造微重力狀態呢?他們使用了一種稱為2-D旋轉儀(clinostat)的設備來模擬微重力環境。透過以每分鐘2圈(2 RPM)和每分鐘4圈(4 RPM)的速度旋轉萵苣,可以創造出類似於太空中微重力的條件。 為什麼這樣轉可以模擬微重力環境呢?原來,這種旋轉可以避免植物細胞內的平衡石(statoliths,一種參與重力感應的胞器,含有密度特別高的澱粉顆粒)停留在固定一處,從而模擬了缺乏重力的狀態。 接著,他們觀察植物在微重力狀況下的狀況。他們發現,在沒有病菌的狀況下,每分鐘2圈的速度會讓植物的氣孔開口變小,但每分鐘4圈的速度對氣孔的開閉沒有多大影響。 可是,如果同時有病菌存在時,不論是每分鐘2圈還是4圈,萵苣的氣孔都沒有辦法關得像有重力狀況一樣小。這會造成什麼影響呢? 研究團隊透過使用共聚焦顯微鏡對葉片組織進行堆疊影像分析,來觀察並量化模擬微重力條件下沙門氏菌的入侵深度。他們發現,在每分鐘4轉(4 RPM)條件下,與未旋轉的對照組相比,沙門氏菌的入侵更深,並且在植物內的菌群密度也更高。這意味著模擬微重力條件下的旋轉,不僅促進了沙門氏菌通過氣孔來入侵,也有利於這些病原體在植物組織內的生長和擴散。 這顯然是個壞消息,但是研究團隊並不氣餒,他們想知道,如果提供植物益菌,能不能讓植物提升防禦力呢? 於是他們加入了枯草桿菌(Bacillus subtilis)UD1022。UD1022是一種植物生長促進根圈細菌(PGPR),過去已知,它透過多種機制對植物有益,能促進生長、增強抗逆性、以及作為生物防治劑對抗病原體。研究團隊的觀察發現,UD1022也能夠限制氣孔張開的幅度,從而限制了沙門氏菌等病原體通過氣孔進入植物內部。 然而,研究團隊發現,在模擬微重力條件下,UD1022對氣孔開口的限制作用受到了強烈的抑制。在每分鐘4轉(4 RPM)的條件下,與未旋轉的對照組相比,UD1022處理的植物其氣孔開口寬度

秘魯傳統與現代:如何耕作(tillage)影響了土壤下的微生物世界

  Chiwa (左)與  barbecho(右)。圖片來源:Sci. Rep. 以前的人認為耕作可以「把土翻鬆」對植物有益,但近年來的研究卻發現,耕作會干擾土壤聚合,所以有了所謂的「免耕耕作」(no-till farming)。但是收穫後都不翻土,任由雜草叢生,也會造成操作上的一些困擾。 或許有限度的翻土,讓操作方便,也不會太擾動土壤,是否比較可行呢?最近在秘魯的研究,提供了一些資訊。 研究團隊探討了秘魯安第斯山脈傳統種植馬鈴薯的耕作系統對土壤微生物群落的影響。他們比較了「chiwa」(最小耕作)和「barbecho」(全耕作)兩種傳統耕作系統對土壤細菌多樣性、均勻度、群落組成和功能的影響。 「Chiwa」是一種最小耕作系統(MTS),其中常用「chakitaklla」(圖)。這種前印加時期的工具用於腳來定位,由一根長0.8至2.5米的木頭和一根長75至300毫米的金屬條製成。在這種MTS中,「chakitaklla」被用於草地上,以穿孔處植入馬鈴薯種子,種子被埋在0.1至0.2米的深度,並用相同的土壤覆蓋。三到四週後,種植區域附近的土壤被翻轉或翻面,形成種子塊莖上的土堤。 相對的,「barbecho」則是使用類似犁的由牛來拉的工具,甚至會使用耕耘機。 研究團隊發現,這兩種耕作系統雖然共享許多代謝途徑,但在厭氧途徑和多樣性途徑上存在差異,顯示了土壤管理對維持健康土壤微生物群落的重要性。 他們發現,「chiwa」耕作系統,即最小耕作方法,顯示出比「barbecho」耕作系統,即全耕作方法,更高的微生物多樣性。這說明在較少干擾土壤的情況下,能夠支持更廣泛的微生物群落,這對土壤健康和生態系統功能是非常重要的。 分析顯示「chiwa」耕作系統比「barbecho」耕作系統展現了更多的厭氧途徑。這意味著在較少干擾土壤的情況下,能夠促進特定微生物群落的發展,這些群落在厭氧條件下更為活躍。這一發現強調了傳統最小耕作方法在維持土壤微生物多樣性和功能上的潛在優勢。 研究強調了利用微生物生物指標來評估耕作系統影響的潛力,這些發現為理解傳統耕作系統下秘魯農業土壤的微生物群落及其生態提供了新的見解。 論文中沒有提到哪一種耕作法馬鈴薯產量比較高,這是比較可惜的事。 參考文獻: García-Serquén, A.L., Chumbe-Nolasco, L.D., N