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根毛(root hair)幫助植物穿透壓緊的土壤

  圖片來源: 維基百科 根毛對植物的水分與養分吸收非常重要,他們增加根的表面積,促進水分與養分的吸收[1]。過去的研究知道,轉錄因子、植物荷爾蒙、蛋白質都會影響根毛的發育。 根毛對植物的影響,依不同的植物有所不同。研究發現,比較長的根毛對植物的影響比較大。在穀物中,大麥的根毛比較長,而水稻與玉米的根毛比較短。 自從農業機械發明之後,「土壤壓實」的問題就開始出現。土壤壓實是一種常見的土壤物理問題,通常由於外力作用導致土壤顆粒緊密排列,減少了土壤孔隙率。這種現象會對植物的生長帶來負面影響,因為它降低了土壤的透氣性和滲透性,增加了根部穿透的難度。 土壤壓實對植物生長的負面影響主要表現在限制了根部的生長空間、降低了土壤的空氣和水分流動性,並可能阻礙營養物質的吸收。因此,在管理農田和綠地時,採取措施防止土壤壓實是非常重要的。這可能包括限制重型機械使用、適當的放牧管理、保持良好的土壤水分條件等策略。 由於土壤壓實是無法避免的問題,有科學家就想了解,根毛能不能穿透壓實的土壤,幫助植物吸收水分與養分呢? 為了研究這個問題[2],研究團隊開發了用瓊脂模擬壓實土壤的系統。他們使用低濃度的瓊脂(1%)模擬較軟的土壤層,使用高濃度的瓊脂(3%)來模擬壓實層。為什麼不直接用土壤,主要是因為要定量土壤壓實的程度比較困難,而且從土壤中取出植物的根,很難不傷及根毛。 研究團隊發現,當水稻根部遇到壓實的土壤時,生長素(auxin)的合成會上升,並透過 OsAUX1 這個生長素運輸蛋白從根尖運輸到根毛區域,進而促進根毛的伸長,增強根部的錨定力和穿透能力。 他們觀察到,一個稱為 OsYUC8 的生長素生合成基因,在根尖遇到壓實的土壤時,其表現量會上升。使用使用生長素報告基因也看到,根尖在遇到壓實的土壤時,生長素的合成上升,並且生長素朝著根向根毛區域移動。 由於生長素的移動需要有生長素運輸蛋白,但是植物有非常多的生長素運輸蛋白,究竟是哪一個呢?進一步的研究發現,是 OsAUX1 這個生長素運輸蛋白:當 OsAUX1 基因發生突變,導致植物無法製造 OsAUX1 時,根尖合成的生長素就無法運到根毛了。而且,突變株的根部在遇到3%的瓊脂時,會沿著兩層瓊脂的交界生長,而不是穿入3%的瓊脂。 另外,研究團隊也用了兩個與根毛發育相關的突變株,其中一個是 rhl1 (roothairless1)
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如何提升米飯的維生素B1含量?

  圖片來源: 維基百科 提到米飯的營養成分,不免會令人想起「腳氣病」(beriberi):因為食用精碾的白米,但是又沒有攝取足夠量的其他食物,造成維生素B 1 缺乏,出現體重下降、精神萎靡、感官功能衰退、體虛、間歇性心律失常等症狀,嚴重可致死。 由於這個疾病一開始是出現在以精製白米為主食的區域中,而在當時精製白米被認為是好的食物,所以一度還曾經引發論戰,直到1925年發現病因是維生素B 1 缺乏,論戰才平息下來。 但是,即使我們已經知道精製白米不是好的維生素B1的來源,但從1925年到現在,腳氣病的爆發還是時有所聞,因為去除米糠的白米不但口感好,也可延長保存期限。 因此,一直有科學家想要讓米的胚乳中的維生素B 1 含量提高。但是,過去的方法常常只是讓整株水稻的維生素B 1 含量提高,可是在精碾之後的白米(胚乳)的維生素B 1 含量卻只是差強人意而已。 最近,瑞士與台灣中興大學的研究團隊合作,讓精碾過的白米裡面的維生素B 1 含量提高了3-4倍。 究竟他們是怎麼做到的? 研究團隊把芝麻的硫胺素結合蛋白(Thiamine binding protein, TBP)基因先進行「基因密碼最佳化」(因為芝麻與水稻各有自己的轉譯密碼偏好,為了確定基因可以正確表現,進行密碼最佳化是必須的),然後將這個基因前面連接上專門表現於稻米胚乳的glutelin D-1 啟動子,然後以農桿菌( Agrobacterium tumefaciens )為媒介,將構建好的轉基因載體送入TP309品系稻米的細胞。 雖然芝麻的硫胺素結合蛋白(SiTBP)基因本身不直接合成維生素B1(硫胺素),但是它可以與維生素B 1 結合。透過增加這種結合蛋白的表達,可以提高細胞內可用的硫胺素總量,因為它能將硫胺素「捕捉」到細胞中,減少其降解或流失。雖然這個蛋白並不能提升維生素B 1 合成,但是透過與維生素B1結合,它有助於在種子成熟和儲存過程中保護硫胺素免受氧化和其他形式的分解。這種保護作用確保了硫胺素在加工和儲存期間的穩定性和生物可利用性。 研究團隊發現,透過這種生物強化法,基改稻米中的硫胺素量提高了3到4倍。若以推薦的營養攝取量(RDI)來換算,相當於每份約315克的白米(大約是一碗米的量)可以提供成年人和哺乳期婦女約35%到27%的維生素B 1 的每日推薦攝取量。 雖然它是基改作物,但是

帶狀瓶爾小草(Ophioderma pendulum)的菌群調查

  圖片來源: 維基百科 帶狀瓶爾小草( Ophioderma pendulum )是一種分布在熱帶亞洲和太平洋島嶼的附生蕨類植物。這種蕨類在多個熱帶地區均有記錄,尤其是在東南亞和一些太平洋群島中,它們通常生長在其他樹木或岩石上。在台灣,它是一種常見的附生植物,可以在多個地點發現,但不是台灣特有種,但也是台灣的「原住民」之一。 身為附生蕨類,帶狀瓶爾小草的生存策略部分依賴於與真菌的共生關係。因此,研究它的真菌群落有助於理解附生植物如何在缺乏土壤的環境中獲取養分和水分。 有鑑於此,中研院生多中心的陳可萱老師與她的研究團隊,研究了帶狀瓶爾小草的菌群。他們在2020年七月在福山植物園的三個點(彼此之間距離超過80公尺,以確保獲得不同環境條件下的數據)收集了植物,並帶回進行分析。 他們透過顯微鏡對根和葉的切片進行觀察,以識別真菌結構,如菌絲、囊狀體和入侵點等,以了解真菌在植物組織中的分佈和形態。 另外,他們也萃取了DNA,進行PCR放大常用於識別真菌種類的DNA條碼區域ITS2,並以生物資訊軟體分析所得到的資料。 結果發現,與先前對附生蕨類的研究結果不同,帶狀瓶爾小草的根部有高度的叢枝菌根真菌(AMF)形成菌群。 研究團隊也發現,帶狀瓶爾小草的葉片中存在著高度多樣的真菌群落,,主要由子囊菌門(Ascomycota)中的黑殼菌綱(Dothideomycetes)和裂殖酵母菌綱(Eurotiomycetes)等類群主導。這可能與它對環境的適應性和抵抗力有關。這些發現可能有助於了解植物如何利用真菌來增強其生存策略。 由於帶狀瓶爾小草具有特殊的生態地位和對生態系統的潛在重要性,了解它與真菌的互動可以為保護和管理亞熱帶森林生態系提供科學依據。 參考文獻: Xie, Q.-Y., L.-Y. Kuo, C.-C. Chang, C.-J. Lin, W.-H. Wang, and K.-H. Chen. 2024. Prevalent arbuscular mycorrhizae in roots and highly variable mycobiome in leaves of epiphytic subtropical fern Ophioderma pendulum. American Journal of Botany 111: e16319. https

葉片光譜(Foliar spectra):新的森林調查工具?

  亞馬遜雨林。圖片來源: 維基百科 雖然植物的葉子都是綠的,但不同的植物還是有不同的綠色:有些深一點、有些淺一點。葉片的顏色,除了葉綠素以外,還有其他的色素以及一些形形色色的化合物,這些都會影響葉片對光線的吸收與反射。 光是肉眼就可以看出不同的綠,用儀器去看應該會有更多不同吧!如果儀器夠敏感,是否能從植物反射的光就分辨出這是什麼植物呢? 加拿大的研究團隊最近發現,的確可以從所謂的「葉片光譜」(Foliar spectra)來辨認樹木的種類。 他們使用了由美國生產的HR-1024i 地面光譜儀,配有 DC-R/T 積分球。這套設備可以測量葉片的光譜反射率和透射率,適用於廣泛的光譜範圍,從 400 到 2500 nm。 研究團隊收集了3500多個葉片光譜測量數據,收集了東北美地區每個樹種從400–2400 nm之間的光譜並分析、探討了光譜數據、系統發生和葉功能性狀變異之間的關係。研究結果顯示,光譜反射率能夠準確地區分大部分樹種(κ = 0.736),葉片光譜顯示出強烈的系統發生信號,雖然在較高的分類層級上可能會出現錯誤,但這些錯誤主要是出現在近緣種之間。此外,功能和系統發生距離在一定程度上控制了光譜分類錯誤的發生和頻率。研究強調了葉片光譜多樣性與分類層次、系統發生和功能多樣性之間的聯繫,並突出了光譜學在遙感植物生物多樣性和對全球變化的植被反應中的潛力。 研究團隊發現,不同樹種間的葉片光譜反射率顯示出在某些特定光譜範圍內有較大的變異。特別是在 700–750 nm 附近的紅邊區域以及 2051–2400 nm的短波紅外範圍(SWIR)。 700–750 nm 附近的紅邊區域與植物葉綠素、氮和葉水含量變化敏感,對於分類來說非常重要。而短波紅外範圍(SWIR,2051–2400 nm )則與細胞壁組成成分如纖維素、木質素和蛋白質的吸收相關。 這些區域的變異對於識別和分類樹種特別有用,因為它們反映了植物葉片在生物化學和生理上的差異。研究團隊利用這些區域進行樹種的精確分類。 研究團隊也發現同屬之間的樹種其葉片光譜通常會比較接近。這主要是因為同屬的樹種在演化上較為接近,共享較多的遺傳和功能性狀特徵,這些特徵反映在葉片的生物化學和結構組成上,從而在光譜反射率上表現出相似性。 研究團隊認為,葉片光譜可以用來從遙感平台(如衛星和飛機)非侵入性監測大範圍內植被和生物

開發「偷聽」植物的工具

  小白菜。圖片來源: 維基百科 「綠手指」是用來形容很懂得如何照顧植物的人。為什麼會這樣說,無非是因為植物不會說話也沒有表情,所以常常會聽到有人說:昨天它還好好的,今天就死掉了。甚至還有人自封「黑手指」,強調自己與植物何等無緣,每種必死。 不過,植物其實還是有給出一些信號,只是我們人類接收不到罷了。例如有些植物在口渴、被蟲咬時會發出超音波,而幾乎所有(我覺得應該是所有,但是未經驗證的事情不能亂說)植物在感受到壓力時會放出過氧化氫(H 2 O 2 )與水楊酸(SA)。 麻省理工學院的團隊想到,如果可以實時偵測H 2 O 2 與SA,不就能即時監測植物是否感受到壓力嗎? 研究團隊以氟苯(fluorene)和二氮雜苯(diazine)為原料,合成了一種可以偵測H 2 O 2 和SA的聚合物,再把這種聚合物以特製的單壁碳納米管(SWNT)包覆以合成奈米感測器。接著他們使用針筒或微注射器,將奈米感測器溶液注入到植物葉片的胞間空間中。一旦注入植物葉片,奈米感測器會在葉片內分佈開來,使其能夠在植物細胞內實時監測到SA和H 2 O 2 的濃度變化。由於這個奈米感測器感應到H 2 O 2 或SA時會發出螢光,所以研究團隊要透過專門的儀器(如近紅外光譜儀)來讀取奈米感測器的信號。 研究團隊使用了小白菜( Brassica rapa subsp. Chinensis )來進行這個實驗。他們測試了四種壓力:強光、熱、病原體感染、機械傷害。 結果發現:強光與高熱時,螢光信號幾乎是立刻就出現,且H 2 O 2 與SA幾乎是同時出現(SA慢一點點)。相對的,機械傷害與病原體感染這兩組是H 2 O 2 先出現螢光信號,SA則慢得多了。事實上,機械傷害要大約兩小時左右才偵測得到SA的出現,但H 2 O 2 只要5分鐘就出現了;病原體感染則是SA比H 2 O 2 慢大約10分鐘。 所以,這個實驗證實了植物對不同的刺激有不同的反應;就算只測量H 2 O 2 與SA兩種指標,應該還是能分出刺激的種類。接下來需要多進行幾次測試,並且擴大測試的物種。一旦能確立植物對不同刺激的不同反應的模式,就可以訓練人工智慧模型來偵測與辨識,幫助我們進行「精準農業」,讓農作物長得更好。 參考文獻: Ang, M.CY., Saju, J.M., Porter, T.K. et al. Decoding

為什麼一上癮就欲罷不能?

  古柯。攝影:曾柏睿 成癮物質有多少種呢?不知道。但是它們的共同特徵是,一旦上癮,就很難戒。尤其是如古柯鹼、嗎啡、安非他命等高成癮性物質,上癮者往往傾家蕩產,寧願不吃飯也不能沒有它。到底為什麼人會受制於這小小的化學物質呢? 過去的研究發現,這些成癮物質會刺激我們腦部的獎賞系統(reward system),且效果比日常的刺激要強;所以一旦接觸到,上癮的風險不低。 最近美國的一個研究發現:上癮其實不止跟獎賞系統有關,還跟基因有關! 洛克斐勒大學的研究團隊使用了全腦FOS映射技術,來確定哪些腦區在藥物(如古柯鹼和嗎啡)暴露後活性增加。FOS是一種即時早期基因,常用作神經活動的標記。 使用這個技術,研究團隊首先觀察到,依核(Nucleus Accumbens,簡稱NAc)是古柯鹼和嗎啡破壞自然獎賞(食物和水)攝取的關鍵樞紐。 活體內長期追踪依核中的個別多巴胺接受神經元活動顯示,藥物濫用和自然獎賞活化了重疊的神經元群,但藥物引起的活化程度更高。 什麼是依核呢?它是大腦中的一個重要結構,屬於基底神經節的一部分,也是中腦邊緣獎賞系統(mesolimbic reward system)的核心成員之一,位於前腦區。依核在調控獎賞和快感的感受、成癮行為、動機和快樂等心理過程中扮演核心角色。 依核與多巴胺釋放密切相關,多巴胺是一種神經傳導物質,常與快樂和滿足感相關。當依核接收到多巴胺信號時,會產生獎賞感,這是人類和其他動物繼續追求某些活動(如食物攝取、社交互動、性行為等)的動力。 過去的研究顯示,依核在處理各種成癮物質的影響中起著關鍵作用,例如酒精、尼古丁和毒品等。這些物質能增加依核區域多巴胺的水平,強化其獎賞反應,導致成癮行為。 另外,依核也與情緒調節有關,特別是與樂觀和愉悅的情緒狀態相關。異常的依核活動與某些情緒障礙,如憂鬱症和焦慮症有關。 依核在決策過程中也發揮作用,尤其是在評估潛在行為的獎賞價值時。它與前額葉皮質等大腦區域密切相互作用,共同影響個體的動機和選擇行為。 總之,依核是大腦獎賞迴路中的關鍵結構,影響人類的情緒、動機、決策以及成癮行為。 進一步的分析全腦FOS映射技術資料後,研究團隊發現一個稱為 Rheb 的基因,與FOS誘導顯著正相關。 Rheb 是一個小GTP酶,能夠活化mTOR路徑,該路徑在許多生物學過程中(包括細胞增殖和代謝調節)都非常重

穿越千年的食物之旅:從馴化到全球化

  圖片來源:維基百科 馴化(domestication)簡而言之就是將動物或植物帶回家飼養/種植,並且能夠代代繁衍的過程。動植物的馴化對於人類歷史有非常重要與深遠的影響,因此在人類歷史上瞭解動植物何時被馴化,也是一個很重要的課題。 過去 15 年來,關於植物和動物馴化過程的研究,因為以下的原因,有了大量發展: 1. 跨學科研究的增加:馴化研究領域吸引了來自人類學、考古學、生物學、遺傳學、生態學和第四紀科學等多個學科的學者。這種跨學科的合作增加了我們對馴化過程複雜性的理解,並促進了新理論和方法的發展。 2. 科技進步:DNA 分析技術的進步特別重要,因為它允許科學家對古代遺物和樣本進行基因分析,發現了植物和動物的馴化歷史和遺傳變化。此外,遙感和地理信息系統(GIS)技術的應用也改善了我們對古代農業和馴化事件地理分佈的理解。 3. 新證據的發現:在全球不同地區進行的考古發掘帶來了新的證據,顯示植物和動物的馴化是一個緩慢且複雜的過程,並且在不同地區以不同的速度和方式發生。這些新發現挑戰了之前關於馴化過程的一些傳統觀點。 4. 全球化和文化交流的角度:各地的科學家開始關注植物和動物如何在過去數千年間跨大陸擴散,以及這些過程如何影響全球生物多樣性和農業。這種對於早期食物全球化的興趣推動了對馴化過程多地區和全球性質的深入研究。 這些因素共同促成了關於植物和動物馴化與傳播的過程的文獻在過去 15 年的大量發展,並深化了我們對這一重要歷史過程的理解。 但是,雖然這兩個過程(馴化與傳播)經常在不同的理論框架內被考慮,但我們的解釋中缺少一個概念性的橋樑,將這些長期過程與多區域、全球性散佈的馴化性質聯繫起來。 在這篇論文中,提到兩種不同的理論框架:一種與演化生物學相關,在更新世至全新世過渡期間的環境變化中具有重要性;另一種與青銅時代的全球化和農業在人新世中的作用有關。 第一種觀點指出,在更新世至全新世過渡期間的環境變化對生物演化和馴化有著重要的影響。這段時間,大約在一萬一千年前,標誌著從最後一次冰河時代向更溫暖和更穩定的氣候過渡,對地球的生態系統和生物群落產生了顯著變化。 此時期的環境變化促使多種生物,包括植物和動物,適應新的生態條件。例如,溫度的上升和冰川的融化導致海平面上升和棲息地的改變。這些變化迫使生物尋找新的生存策略,包括遷徙到新的地區、變化飲食習慣或發展